يقوم برنامج الأكاديمية الإسلامية لمقارنة الأديان بتدريس مجموعة من العلوم الشرعية والفكرية والنقدية عن طريق التعليم عن بعد، وتهدف في المقام الأول إلى تخريج فريق من الدعاة مُلمٍ بعقيدته الإسلامية، عارفٍ بالأصول والثوابت الدينية والفكرية الهامة، مع تدريبهم على التفكير المنهجي والنقدي، وضبطِ طُرُقِ التفكير، ووسائل المعرفة، حتى يكون الطالبُ قادرًا على إقامة الأدلةِ على أصول الدينِ وصِدق الإسلام.